政府组织创新从总体上政府管理创新可以归纳为五个大的方面：管理方式、管理体制、管理机构、管理理念、管理职能的创新。
政府管理方式的创新：公众参与和专家决策取代暗箱操作和领导拍板。在传统政府中，政府管理的决策权完全落入官僚的手里，其根据所谓的规章制度和程序来办事，通过层次等级权限来确定一切决策权。其潜在假定：
①官僚是大公无私、客观公正的；
②社会公众无能力治理自己，应将权力委托给官僚。
但是事实上，一方面，不但官僚的利他性是有局限的并且是不可靠的，而且他们天生俱有利己性，所以其利己性需要法律、制度、舆论的限制和监督。另一方面，民众是知识的生产者和拥有者，民众关心自身利益，他们有能力也愿意管理自己以及自己所属国家、社会的事务。因而，传统政府管理方式弊端极多、危害性非常大。电子政府实行政务信息公开，为公众参与管理提供了可能。电子政府以人为本，也极大地调动了公众参与和管理的积极性。
政府管理体制的创新：现阶段，中国各级政府都在努力建设电子政府。建设电子政府，将使“民本位”的民主理念取代“官本位”的官僚思想，“平面化”的分权制取代“金字塔式”的集权制，以服务社会为重心的政府管理职能取代以推行政令为重心的政府管理职能；公众参与和专家辅助决策取代暗箱操作和领导拍板，精简机构和高素质公务员取代臃肿机构和低素质公务员。中国政府管理体制数千年来都采用“金字塔式”的集权制。
政府组织创新这种集权制的特征是“机关等级制与各种等级赋予权力的原则，这就意味着一种牢固而有秩序的上下级制度，在这种制度中存在着一种上级对下级机关的监督关系”。而且“在官僚制模式得到充分发展的场合，机关等级制是按个人独裁的方式组织起来的”。
